Determinação de novo das estruturas mosquitocidas Cry11Aa e Cry11Ba naturalmente
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Determinação de novo das estruturas mosquitocidas Cry11Aa e Cry11Ba naturalmente

Nov 15, 2023

Nature Communications volume 13, número do artigo: 4376 (2022) Citar este artigo

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Cry11Aa e Cry11Ba são as duas toxinas mais potentes produzidas pelo mosquitocida Bacillus thuringiensis subsp. israelensis e jegathesan, respectivamente. As toxinas cristalizam naturalmente no hospedeiro; no entanto, os cristais são demasiado pequenos para determinação da estrutura em fontes síncrotron. Portanto, aplicamos cristalografia serial de femtossegundos em lasers de elétrons livres de raios X a nanocristais dessas toxinas cultivados in vivo. A estrutura do Cry11Aa foi determinada de novo usando o método de dispersão anômala de comprimento de onda único, que por sua vez permitiu a determinação da estrutura do Cry11Ba por substituição molecular. As duas estruturas revelam um novo padrão para cristalização in vivo de toxinas Cry, em que cada um dos seus três domínios contém um domínio simetricamente idêntico, e um motivo de empacotamento de cristal clivável está localizado dentro da protoxina e não nos terminais. A diversidade de padrões de cristalização in vivo sugere explicações para os seus variados níveis de toxicidade e abordagens racionais para melhorar estas toxinas para o controle do mosquito.

Os inseticidas biológicos mais comumente usados ​​para controlar populações de mosquitos e vetores de mosca negra são produzidos pela bactéria Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (Bti), descoberto em Israel em 19761. Esses produtos têm como alvo o estágio larval de uma ampla variedade de vetores e, devido à sua alta eficácia e segurança ambiental, substituíram os inseticidas químicos sintéticos de amplo espectro em muitos programas de controle de vetores. Estes incluem Anopheles gambiae e espécies relacionadas que transmitem a malária, bem como numerosas espécies de Culex e Aedes que espalham vírus como os que causam a encefalite do Nilo Ocidental e a febre amarela. Os produtos Bti também são usados ​​em África para regular as espécies de mosca negra responsáveis ​​pela vectorização dos vermes filariais que causam a oncocercose. Além das populações de vetores, eles são usados ​​para controlar mosquitos incômodos no Vale do Reno, na Alemanha, na Camargue, no sul da França, e em todos os EUA, Ásia e América Latina e do Sul, com milhares de toneladas aplicadas nos últimos 30 anos.

A atividade mosquitocida altamente potente do Bti é devida a três formas nanocristalinas de quatro protoxinas, viz. Cyt1Aa, Cry11Aa e Cry4Aa e Cry4Ba co-cristalizados. Estes são produzidos durante a esporulação e são notavelmente estáveis ​​em uma variedade de condições, mas se dissolvem após a ingestão sob os altos níveis de pH alcalino característicos do intestino médio do mosquito larval2. As protoxinas solubilizadas são ativadas por proteases intestinais de insetos, permitindo a ligação às membranas celulares intestinais, subsequente oligomerização e, finalmente, lise celular intestinal, levando à morte larval2. As toxinas Bti são ambientalmente seguras porque são muito mais específicas para os mosquitos-alvo do que os larvicidas químicos de amplo espectro.

A mais potente das quatro toxinas Bti é a Cry11Aa, mas a sua ativação e mecanismo de toxicidade são pouco compreendidos, em grande parte porque, ao contrário de Cry4Aa, Cry4Ba e Cyt1Aa, a sua estrutura é desconhecida. Uma toxina relacionada produzida por Bt subsp. jegathesan (Btj) é Cry11Ba, que é sete a trinta e sete vezes mais tóxico que Cry11Aa contra as principais espécies de mosquitos vetores pertencentes aos gêneros Aedes, Anopheles e Culex3, e em alguns hospedeiros bacterianos parece formar cristais ligeiramente maiores. A estrutura do Cry11Ba também é desconhecida, embora tenha sido usada como substituto do Cry11Aa em cepas recombinantes de Bti para melhorar significativamente a atividade mosquitocida . Assim, nosso objetivo foi determinar as estruturas das protoxinas Cry11Aa e Cry11Ba para ajudar a entender como elas conseguem a formação de cristais robustos lábeis apenas em pH alcalino, e obter insights estruturais para aumentar a eficácia dessas proteínas no controle de mosquitos.

A determinação da estrutura das protoxinas Cry11Aa e Cry11Ba a partir de nanocristais naturais requer tecnologia de ponta. A cristalografia convencional é limitada a projetos nos quais os cristais são suficientemente grandes para montar e oscilar individualmente em um feixe de raios X síncrotron. No passado, os cristais de Cry4Aa5, Cry4Ba6 e Cyt1Aa7 ativados atingiram tamanho suficiente cultivando-os in vitro a partir de toxinas dissolvidas de nanocristais naturais e ativando as toxinas enzimaticamente. No entanto, Cry11Aa e Cry11Ba não recristalizam in vitro a partir de nanocristais dissolvidos8. Além disso, a ativação enzimática é indesejada, uma vez que nosso objetivo é compreender o mecanismo de dissolução natural do cristal controlado pelo pH. Para observar o estado da protoxina em nanocristais naturais produzidos em células bacterianas, aplicamos cristalografia serial de femtossegundos (SFX) em lasers de elétrons livres de raios X (XFEL) . No experimento SFX, pulsos de feixe XFEL de alto brilho, cada um durando apenas ~10–50 fs, interceptam uma série de nanocristais, um pulso por cristal, provocando o sinal de difração mais forte possível de cada cristal minúsculo antes de vaporizar, e produzindo um série de instantâneos de difração, posteriormente montados em um conjunto completo de dados. A viabilidade desta estratégia foi demonstrada pela recente elucidação da cascata completa de bioativação do Cyt1Aa12.

3 residues) between α3 and α4 (−5 and −8 residues with respect to Btk Cry2Aa and Btt Cry3Aa), and β20 and β21 (−10 and −9 residues with respect to Btk Cry2Aa and Btt Cry3Aa). Altogether, these changes render Cry11 toxins uniquely large from the structural standpoint, with predicted radii of gyration of 27.5 and 26.7 Å for Cry11Aa and Cry11Ba, compared to 25.0 and 25.6 Å for Btk Cry2Aa and Btt Cry3Aa, respectively./p>370,000 patterns (native and three derivatives) collected on crystals with ~100,000 unit cell28. Our success in phasing the Cry11Aa structure likely stemmed from a combination of the use of a dramatically powerful phasing agent16,17 and advances in SFX data processing tools over the last five years, including the Xgandalf56 indexing algorithm and improvements in data handling and integration in CrystFEL57. It should offer hope to investigators seeking to determine the structure of proteins of which no known structural homologue exists and that have to resort to SFX due to smallness of their crystals. It is foreseeable, however, that de novo structure determination will be helped by recent advances in comparative and ab initio modelling and the availability of programs such as RosettaFold58 and AlphaFold259, capable of producing a decently-accurate structure for virtually all proteins and thus a good model for phasing of crystallographic data by molecular replacement. Latest releases of the two programs were published in the final stage of the writing of this manuscript, hence we asked whether or not the availability of these tools would have facilitated our journey towards the Cry11 toxins structures, and submitted the sequence of Cry11Aa to the two servers. For RosettaFold, the r.m.s.d. to the final refined structure of the five best models was over 4 Å, with discrepancies observed mostly in domain II. For AlphaFold2, however, the two first models displayed r.m.s.d. of 1.2 and 1.0 Å to the final structure, respectively. Using the worst of these two models, we could find a molecular replacement solution using Phaser, and a partial model featuring 95% of the residues in sequence was obtained after 20 cycles of automatic iterative model-building and refinement using Bucanneer60 and Refmac561. Thus, a problem which occupied five crystallographers for several years could have been solved in less than an hour using the new tools recently made available to the structural biology community. Based on our results, it is tantalizing to claim that the phase problem in crystallography has been solved, or that experimental structural biology will be abandoned, but such assertions would likely be shortsighted. Rather, we encourage investigators to challenge AlphaFold2 and RosettaFold as much as humanly possible, but to not forsake de novo phasing as it may remain the only route to success in difficult cases where molecular replacement based on such models does not work62. It must also be emphasized that in the case of Cry11 toxins and, more generally, naturally-crystalline proteins, the issue is not just phasing, but packing. For such proteins, crystal formation and dissolution serve function, hence characterization of packing interfaces is central to finely comprehend their bioactivation cascades. Without the naturally-occurring crystals and the atomic resolution experimental SFX data, it would not have been possible to make predictions on potential mutations affecting Cry11Aa crystal formation or dissolution./p>